El Área Museo desarrolla su trabajo desde el enfoque de un museo de sitio, situándose en el campo de los sitios de memoria y museos emplazados en ex centros de detención, tortura y exterminio. Su quehacer se orienta en los postulados de la museología crítica y la gestión del patrimonio cultural.

Como primer sitio de memoria abierto a la ciudadanía en Latino América, la necesidad de mantener en óptimas condiciones de conservación los vestigios, reproducciones, memoriales y dependencias son una prioridad en la gestión, considerando a su vez, su nombramiento como Monumento Nacional el año 2004. Asimismo, se busca el fortalecer los procesos de recuperación y transmisión de las memorias, propiciando instancias de valoración e investigación, a través de los archivos Oral y Documental.

Bajo este contexto, el área se estructura internamente en cuatro sub áreas de trabajo relacionadas con los mencionados ámbitos de acción: sub área de conservación y mantención del parque, sub área Archivo Documental, sub área Archivo Oral y sub área Centro de Documentación.

Desde el área se ha impulsado la presentación de proyectos e iniciativas relacionadas con la conservación del sitio y sus bienes patrimoniales, el incremento de las colecciones y la implementación de mejoras museográficas que permitan fortalecer la gestión de forma transversal entre las diferentes áreas de trabajo.