Fue asesinado por la espalda. Detenido el 16 de enero de 1978, fue llevado a Villa Grimaldi e interrogado bajo torturas. Era miembro de la Comisión Política del Movimiento de Izquierda revolucionaria (MIR).
La Corte de Apelaciones de Santiago resolvió elevar las penas a tres agentes de la Central Nacional de Informaciones (CNI), por su responsabilidad en el homicidio calificado de Germán Cortés Rodríguez, perpetrado el 18 de enero de 1978, en la comuna de La Florida.
En fallo unánime, la Sexta Sala del tribunal de alzada -integrada por los ministros Mario Rojas, Jessica González y Celia Catalán- aumentó de 6 a 10 años y un día de presidio, las penas aplicadas a los agentes: Enrique Sandoval Arancibia, Miguel Krassnoff Martchenko y Basclay Zapata Reyes.
En la investigación se logró acreditar que Germán de Jesús Cortés Rodríguez, de 29 años, estudiante de teología y ex seminarista de los Padres de la Sagrada Familia, miembro de la Comisión Política del Movimiento de Izquierda revolucionaria (MIR), fue privado de libertad por agentes de Estado, el 16 de enero de 1978 y, enseguida, llevado al campo de prisioneros políticos de Villa Grimaldi, donde fue interrogado bajo tortura por los mismos agentes aprehensores.
Dos días después, aprovechándose la noche, “el 18 de enero de l978, alrededor de las 0.15 horas, Germán de Jesús Cortés Rodríguez, conforme a la actividad ilícita de los agentes, oficiales y efectivos de la ex Dirección Nacional de Inteligencia (DINA) que siguieron actuando de hecho al interior de la recién creada Central Nacional de Informaciones (CNI), como lo dan cuenta documentos secretos oficiales de esa época, sacaron al prisionero del campo de Villa Grimaldi y lo ejecutaron, simulando los agentes un enfrentamiento en la morada de la víctima de calle Estados Unidos N° 9.192, comuna de la Florida, Santiago.”
“Los agentes alevosamente acabaron con la vida de la víctima Germán de Jesús Cortés Rodríguez, simulando que la muerte de ésta se debió a un riesgoso enfrentamiento armado, no obstante que Germán de Jesús Cortés Rodríguez se encontraba bajo la custodia de dichos agentes, los que eran sus garantes desde que lo privaron de libertad dos días antes de darle muerte”, señala la resolución de primera instancia dictada por .
“El homicidio de Germán de Jesús Cortés Rodríguez constituyó otro episodio de las acciones sistemáticas organizadas por los agentes de la ex DINA, Dirección Nacional de Inteligencia, no obstante haberse ésta disuelto, quienes, actuando en grupo desde el mes de diciembre del año 1977, luego de hacer seguimientos y vigilancias constantes, dieron muerte a miembros del Movimiento de Izquierda Revolucionaria, Mir, lo que fue presentado falsamente como «enfrentamiento con extremistas» a los medios de comunicación social”, precisa la resolución judicial.
“Se descarta que Germán de Jesús Cortés Rodríguez se haya enfrentado a los agentes que le dan muerte, por cuanto, además de haber sido detenido por éstos dos días antes y sometido a torturas, los informes de autopsia del Servicio Médico Legal, determinaron que la causa de su muerte, fueron tres heridas de balas cervicales con salida de proyectil, cuya trayectoria fue paralela de atrás adelante, de abajo hacia arriba y de izquierda a derecha, heridas de carácter homicidas, efectuadas por la espalda”, agrega el dictamen.
En el aspecto civil, la sala incrementó de 30 millones de pesos a 100 millones de pesos, la indemnización que debe pagar el Estado de Chile a la hija de la víctima, Carolina Cortés Valenzuela.